Le groupe est créé en 1997 par le producteur et compositeur Tsunku, ex-chanteur du groupe pop Sharan Q, avec les finalistes malheureuses d'un concours de chant télévisé pour l'émission Asayan : Yuko Nakazawa, Aya Ishiguro, Natsumi Abe, Kaori Iida et Asuka Fukuda, plus tard désignées comme "la première génération", auxquelles s'ajoutent de nouveaux membres au fil des ans et des nouvelles "générations", toutes des "idoles" - de jeunes artistes à l'image innocente, pour un total de 25 en 10 ans et 8 générations. L'effectif du groupe change donc constamment, mais demeure réduit du fait de départs réguliers de membres, les "graduations". Le groupe est cependant inhabituellement stable depuis mi-2007, sur le modèle des autres groupes réguliers du Hello ! Project, Berryz Kōbō et °C-ute.
La popularité des Morning Musume explose en 1999 avec le single Love Machine, et se maintient à un très haut niveau durant les deux années suivantes, notamment avec le succès de leur premier best-of en 2001, avant de décliner lentement mais surement, non sans avoir battu des records de longévité et de ventes de disques au Japon. Le groupe est la vedette de sa propre émission télévisée dominicale de 2000 à 2008, Hello ! Morning (renommée Haromoni@ en 2007, arrêtée en octobre 2008), ainsi que de films pour le cinéma et la télévision, de comédies musicales, de concerts, de spectacles sportifs, de shows télévisés, et apparait dans de nombreuses publicités pour d'autres marques. Son image et celles de ses membres individuellement sont exploitées dans de nombreux produits dérivés, photobooks, cartes à collectionner, jeux vidéos, figurines et gadgets divers.
Les Morning Musume, dont le succès s'étend en Asie, et même virtuellement dans le monde entier grâce à une communauté internationale de fans très active sur internet, tentent de s'ouvrir au marché chinois en intégrant deux ressortissantes de ce pays en 2007, Li Chun (Jun-Jun) et Qian Lin (Lin-Lin), les premières membres étrangères et les seules à part Miki Fujimoto à ne pas avoir été sélectionnées au cours d'une audition nationale.
Les Morning Musume sortent leur 39éme single, "Shōganai Yume Oibito" le 13 mai 2009, atteignant la premiére place dans les charts hebdomadaire de l'Oricon, la premiére fois depuis "Aruiteru" fin 2006. Après le succès de ce single, le groupe sortira son 40éme single le 12 aout 2009.
Enfin, le groupe apparaitra pour la première fois en occident lors de la convention Anime Expo de juillet 2009 à Los Angeles.
C'est mon groupe préféré !! >w<
